對于水資源綜合規劃和供水管理體制改革，《通知》要求：
盡快完成全國水資源綜合規劃編制工作。發展改革委、水利部要會同有關部門繼續做好全國水資源綜合規劃編制工作。要通過水資源評價，掌握水資源現狀和變化趨勢；在節水和保護水資源的前提下，研究分析水資源、水環境的承載能力，確定水資源可利用上限；根據水資源可利用潛力和經濟社會發展要求，抓緊完善水利及供水工程建設標準，合理調整生活、生產、生態用水定額，制定水資源優化配置方案及跨流域、跨地區配置的工程布局和方案。
各地區要統籌考慮城市水資源的開發、利用和保護，協調供水、節水與污水再生利用工程設施建設。建設項目要落實節水措施，做到同時設計、同時施工、同時投入使用。缺水地區在規劃建設污水處理設施時，要將污水處理再生利用作為緩解城市水資源短缺的重要措施，同步規劃和建設污水再生利用設施。
積極扶持和促進海水開發利用。盡快制定和實施海水利用規劃，優化沿海地區水資源結構，擴大海水利用規模。沿海地區要統籌利用海水淡化水，對以供應居民用水為主的海水淡化廠和管網設施，應予以一定的扶持。利用海水生產淡水的，免征水資源費，以降低其生產成本，扶持和促進海水開發和利用。
加快城市供水管網更新改造步伐。按照《國務院關于加強城市供水節水和水污染防治工作的通知》（國發[2000]36號）的規定，在對供水管網全面普查基礎上，對運行使用超過50年和嚴重老化的供水管網，盡快予以更新改造，有效降低供水管網漏損率。同時，要將供水管網和排水管網建設結合起來，缺水地區的供水管網改造應與再生水利用管網建設統籌進行，逐步建成供水、排水、再生水管網相匹配的城市供排水管網體系。
改革供水管理體制。水利工程供水單位要按照《國務院辦公廳轉發國務院體改辦關于水利工程管理體制改革實施意見的通知》（國辦發[2002]45號）的要求，建立多樣化的水利工程管理模式，逐步實行社會化和市場化，通過招標等市場方式，委托符合條件的單位管理水利工程，盡快建立符合我國國情、水情和社會主義市場經濟要求的運行機制。城市供水和污水處理單位，要結合國有資產管理體制改革，按照建立現代企業制度的要求，實現政企分開，逐步引入特許經營制度，通過創新機制促使供水單位加強管理、降低成本、提高效率。 | 
