由于我國自然資源實行中央與地方分級管理，在實際工作中，絕大部分自然資源由地方進行管理，個別自然資源的實際控制人片面追求自然資源的經濟價值，忽視其生態價值和社會價值，造成自然資源的過度開發和生態環境的破壞。
而新成立的自然資源部，其重要的職責就是統一行使全民所有自然資源資產所有者職責，統一行使所有國土空間用途管制和生態保護修復職責，著力解決自然資源所有者不到位、空間規劃重疊等問題。
中央編辦二司課題組認為，“在實現所有者和監管者分開、整合相關職責的基礎上，重點應處理好四方面的關系�！边@也是新成立的自然資源部必須認真面對和完成的新使命。
這四個方面的關系包括：處理好政府與市場的關系。既要加強監管，又要在自然資源資產配置方面要發揮市場的決定性作用;處理好自然資源資產所有者與自然資源監管者的關系。建立溝通協商和監督制約機制，實現信息共享;處理好中央與地方的關系。分清全民所有中央政府直接行使所有權、全民所有地方政府行使所有權的資源清單和空間范圍;處理好自然資源監管與環境治理的關系。合理界定自然資源監管與環境治理的權責邊界，做到相互協調、相互促進。
復旦大學環境經濟研究中心副主任李志青對記者表示，就頂層設計的重要性而言，在相關的中央政府部門之間開展協作顯然是自然資源監管的重中之重。
19日晚，北京大學環境管理系教授李文軍在接受記者采訪時表示，新成立的自然資源部將分散在各部門中的職責集中在一起，特別是草原這一塊，在部級機構下設一個司局級的專門機構來管理，這是一個很大的進步。
李文軍同時表示，自然資源部實際上同時管理著經營性自然資源資產和公益性自然資源兩類資源，而像保護地這一類公益性自然資源是不可以資產化的。這對于自然資源部來說，需要一個很大的思路轉換。
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