危險廢物的處置不合規，已成了治理長江污染的薄弱環節。2018年6月19日，國家審計署發布了首份長江經濟帶生態環境保護“體檢報告”。
審計署的報告顯示，除了非法傾倒和非法排污這“兩大殺手”，非法捕撈和非法采砂，也是危及長江流域生態環境的主要問題。
2016年以來，長江經濟帶沿江省份共查處非法傾倒、偷排偷放、亂占濫用、亂砍濫伐等違法案件9.78萬件，移送司法機關處理2635人。
實際上，自2016年以來，長江流域的環境保護工作已越發受到重視。 2016年1月5日，推動長江經濟帶發展座談會在重慶召開，中共中央總書記習近平在會上為長江發展定調：“共抓大保護，不搞大開發”。
此后，多部門均在長江流域部署相關行動。生態環境部于2016年5月啟動了長江經濟帶飲用水水源地環保執法專項行動，截至2017年底，共排查整治490個存在問題的飲用水源地。
2018年4月26日下午，習近平在武漢主持召開深入推動長江經濟帶發展座談會時，又提出“把修復長江生態擺在壓倒性位置”。2018年4月以來，已有多部門開始貫徹落實中共中央總書記習近平這一講話精神。
公安部部署沿江各地公安機關重點對非法采砂、非法捕撈、非法排污、非法傾倒廢物垃圾等違法犯罪活動開展深入打擊。
2018年5月20日至6月2日，生態環境部進行了“回頭看”，對過去兩年已完成整治的長江經濟帶11省份地級及以上飲用水水源地展開督查。
多部門還“劍指”被稱為“長江殺手”的非法傾倒固體廢物。2018年4月20日至5月15日，水利部派出11個工作組，對沿江11省份固體廢物點位排查工作進行督導檢查，共排查出固體廢物點位1376處。
幾乎是同時，生態環境部也在2018年5月上旬，啟動了“清廢行動2018”，對11省份的固體廢物傾倒情況進行全面摸排核實。同在5月，國家發改委組織11省份負責人，召開了推動長江經濟帶發展領導小組辦公室會議，要求加強水污染治理，加強水生態修復。
“發改委在做長江流域的保護，水利部門也在做，環保部門也在做，各地方政府也都在做�！痹谌珖䥇f社會和法制委員會駐會副主任呂忠梅看來，各部門如果能形成合力，治理長江污染將會更加有效。
呂忠梅是法學專業的博士生導師，研究方向之一就是環境資源法。她對南方周末記者說，長江治理是“典型的九龍治水”，交通部門管航道，農業部門管養殖，林業部門管濕地……
盡管有長江水利委員會，但在清華大學水利系教授周建軍看來“現在的長江委沒法實現統籌省與省之間、部門與部門之間的職責”，他的建議是“需要有一個部門，在長江流域的管理與保護問題上，能協調得動各部門、各地方”。
面對多頭管理的現狀，長江水利委員會書面回復南方周末記者稱，“在當前和今后相當長一段時間，把修復長江生態環境擺在壓倒性位置�！�
作為法學學者，呂忠梅更希望能從法律層面解決長江的保護問題。2003年，呂忠梅以全國人大代表的身份，第一次提交了有關制定“長江法”的建議。2017年，她最后一次以全國人大代表身份出席全國“兩會”時，已是國家社科基金重大項目《長江流域立法研究》課題組的首席專家，繼續建議制定長江法。
她當時統計的結果是，長江流域涉水事務管理權分屬中央15個部委、76項職能，19個省級政府、100多項職能。“長江法要解決的一個最重要的問題是多頭管理�！眳沃颐废Ｍ鼙M快理順長江流域治理的體制機制。
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