1998年6月，國家環保局升格為國家環保總局，從副部級變成了正部級，仍然作為國務院直屬機構。
“環保工作需要協調各個部門，原來國家環保局作為副部級，去跟各個部門提要求的時候，人家根本不理它，這種情況直到1993年全國人大環境與資源保護委員會成立后才有所改變。”駱建華表示，“到了1998年國務院機構改革，力度非常大，很多老部門如冶金部、化工部都被撤銷了，林業部被降格為國家林業局，只有國家環保局升格為國家環保總局，成了唯一一個升格的部門�！�
不過，公眾與環境研究中心主任馬軍告訴《華夏時報》記者，雖然升格為正部級，但國家環�？偩衷趪鴦赵焊鱾�部門中仍然比較弱勢。最典型的例子是，2005年吉林爆發松花江水污染事件，吉林石化公司雙苯廠一車間發生爆炸，約100噸苯類物質（苯、硝基苯等）流入松花江，造成了江水嚴重污染。雖然事故的主要責任方是吉林石化公司雙苯廠，但最后問責的時候，相關行業主管部門和安全部門事情不大，時任國家環�？偩志珠L解振華卻因此不得不辭職。
“那個時候正好是中國高速發展的時期，各個方面都能給環保部門施加很大壓力，環保工作非常困難。”馬軍說。
到了2008年，國家環�？偩稚駷榄h保部，正式成為國務院組成部門。如今，環保部又變身生態環境部，整合加入國家發改委、國土部、水利部等6個部門的環境保護相關職責，統一行使生態和城鄉各類污染排放監管與行政執法職責。
“組建新的生態環境部，將把原來分散的污染防治和生態保護職責統一起來，是推進生態環境領域、生態文明建設領域、治理體系現代化和治理能力現代化的一場深刻變革和巨大進步�！鄙鷳B環境部首任部長李干杰如是說。
在駱建華看來，環保機構之所以能在20年間升格了三次，職能不斷得到加強，與中國的環境問題越來越突出有關，也與中央領導與高層對環保問題越來越重視有很大關系。
“環保機構的職能從來沒有達到現在這樣的強度，可以說，現在的生態環境部已經是新中國歷史上職能最強的環保機構了�！瘪R軍說。
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