近年來，在環境保護管理過程中，破除部門交叉問題的呼聲高漲。
國務院機構改革方案要求，組建生態環境部。將環境保護部的職責，國家發展和改革委員會的應對氣候變化和減排職責，國土資源部的監督防止地下水污染職責，水利部的編制水功能區劃、排污口設置管理、流域水環境保護職責，農業部的監督指導農業面源污染治理職責，國家海洋局的海洋保護職責，國務院南水北調工程建設委員會辦公室的南水北調工程項目區環境保護職責整合，組建生態環境部，作為國務院組成部門。
對于此次改革的意義，在今年3月全國兩會期間舉行的記者會上，李干杰指出，這個方案明確把原環境保護部的全部職責和其他6個部門相關的職責整合到一起，組建新的生態環境部，統一行使生態和城鄉各類污染排放監管與行政執法職責。他表示，這個改革是黨中央實現深化改革總目標的一個重大舉措，是體現堅持以人民為中心發展思想的一個具體行動，是推進生態環境領域、生態文明建設領域、治理體系現代化和治理能力現代化的一場深刻變革和巨大進步。
李干杰強調，組建生態環境部，有“五個打通”，把原來分散的污染防治和生態保護職責統一起來：第一是打通了地上和地下；第二是打通了岸上和水里；第三是打通了陸地和海洋；第四是打通了城市和農村；第五是打通了一氧化碳和二氧化碳，也就是統一了大氣污染防治和氣候變化應對。
2018年4月3日，李干杰主持召開部黨組（擴大）會議，傳達學習習近平總書記4月2日下午在中央財經委員會第一次會議上關于打好污染防治攻堅戰的重要講話精神，會議指出，習近平總書記的重要講話明確要求，要打幾場標志性的重大戰役，具體包括：打贏藍天保衛戰、打好柴油貨車污染治理、城市黑臭水體治理、渤海綜合治理、長江保護修復、水源地保護、農業農村污染治理七大攻堅戰。我們要把這七場標志性的重大戰役，作為打好污染防治攻堅戰的突破口和“牛鼻子”，抓緊制定作戰計劃和方案，細化目標任務、重點舉措和保障條件，做到按圖施工、掛圖作戰，以重點突破帶動整體推進，確保七大攻堅戰役3年時間明顯見效。
對于新的環保機構給未來環保工作帶來的變化，上述原環保部官員認為，從機構改革來看，把6個部門職責劃歸過來，在污染防治上體現了一個事情一個部門管理的宗旨，有效杜絕了多部門交叉管理帶來的低效、扯皮現象。同時，提出成立五大綜合執法體系，其中生態環境交給了生態環境部，今后生態環境的執法將會統一。
他進一步介紹，未來，大生態監管會進一步體現，不僅僅是對自然保護區監管，還包括對生態功能區監管等，流域、區域的執法監管也都會得到進一步加強，過去環境執法只是對污染防治、點源、城市污染的監管，未來會走向大區域、大生態的監管。
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