國務院《關于落實科學發展觀加強環境保護的決定》提出了明確的環境目標。要求到2010年，重點地區和城市的環境質量得到改善，生態環境惡化趨勢基本遏制；到2020年，環境質量和生態狀況明顯改善。落實到水環境。國務院要求，以飲水安全和重點流域治理為重點，加強水污染防治；以強化污染防治為重點，加強城市環境保護。到2010年，COD排放總量降低10%，要求全國設市城市污水處理率不低于70%。以上任務的完成，最大的制約在體制和機制的理順，在于政府行政能力的全體提升和能力建設保障。
水污染重大專項首先定位為科技攻關項目，需要以解決科技問題為核心，需要針對有限目標進行實施。在水行業特定的背景之下，有限目標要求科技必須為國家提出的核心目標服務，針對制約水行業的薄弱環節進行突破。也就是要針對性地選擇制約體制和機制理順的一些技術問題進行重點突破，行業管理與整體能力建設同樣是重要組成部分。
同時，以城市供水和污水處理為核心的城市水業正在經歷著市場化的改革，已經迅速地經歷了市場開放和引入競爭這兩個階段，大量社會資本進入市場城市設施經營管理的主體�？陀^上也對政府監管提出了越來越高的要求。目前并開始步入第三階段——規范市場階段。政府部門急需在適應市場的管理方法和管理工具上進行提升。