在水利部及省水利廳的支持下，項目組于2002年首先在張家港市進行了水資源綜合規劃的開發研究。該市成立了以市長為組長，各局領導組成的規劃領導小組，具體領導規劃的編制，工作組設在張家港市水利（務）局，由局長擔任組長，與河海大學項目組共同具體承擔項目的編制，通過一年半的工作，于2003年通過了部省級驗收。經過政府批準，成為全市貫徹執行的一個市級規劃，政府對水的管理從此走上有序的道路。此后，常熟市。太倉市及江陰市也陸續完成了此項工作，在解決區域水環境治理的基礎上，為區域水資源統一管理和太湖流域富營養化全面的控制做出了貢獻。
該項目研究成果特色主要有：根據流域富營養化控制機理的研究成果，進行了區域水資源保護及水環境治理規劃的研究，樹立了流域控制與區域控制相結合的治水思路；克服了就水論水的治水思路，從流域面上進行根本性的污水控制；解決了長期以來各部門各自為政、“九龍治水”的大難題，統一了治水理念和決策控制；建立了統一的、有序的水資源管理體制，確保區域經濟社會的可持續發展；樹立了建設“人與自然和諧共處”社會的新理念。其創新點主要是首次將流域分為陸域、復雜平原河網、湖泊三部分，并將三部分有機耦合進行污染物遷移轉化機理的整體研究，在此基礎上進行太湖藻類爆發機理研究和太湖富營養化控制原理研究。