據黃河說，“南水北調”主體工程的投資不對民間資本或外資開放，其回報不會按照商業資本的投資回報計算。而配套工程則分層次由地方政府和受益集團、個人分擔，這部分工程歡迎社會資本進入，其回報來源于水價。
盡管如此，“南水北調”將完全不同于以往的做法，將計劃在調水沿線建設世界最大水權交易市場，首開中國大規�？缌饔蛘{水市場化運作的先河。
水利部南水北調規劃設計管理局局長張國良透露，這個水權交易市場由中央政府宏觀調控、沿線地方政府參與、企業具體運作。
南水北調總調水量約四百億立方米，張國良說，將根據沿線各省市需水量確定調水規模和方案。需水地方的股金按比例分攤，要的水越多，出的資本金越多。
現在各方面的一個共識是，解決水資源短缺最有效的辦法就是建立完善的水權交易市場，將水資源作為一種商品，允許使用權進行交易，以價格來真實反映水的供求關系，從而調整需求，實現開源節流。中國浙江義烏等地已經開始實施小規模的水權交易。
不過水權交易短期還不會出臺。水利部部長汪恕誠表示，爭取10年內建立起一個水權交易評價系統。