《華爾街日報》文章說，此前有水利官員認為，要想使中國蓬勃發展的城市獲得充足的供水，緩解過量使用黃河水以及中國北方地下水嚴重超采的問題，上馬這一項目是惟一的出路。身為中國科學院院士的北京師范大學
但批評南水北調項目的人士擔心，以耗費數百億美元資金以及造成環境損害為代價換來的只是中國北方長期水缺乏問題的暫時緩解。
這一項目的批評和支持人士都承認中國北方水資源短缺的嚴重性。作為世界上人口最多的國家，中國的人均水資源擁有量只有世界平均水平的四分之一；而北京人的水資源擁有量更是只有世界平均水平的三十分之一。中國嚴重缺水的城市約有136個。雖然農業灌溉占用了大部分水資源，但隨著經濟的增長，工業和居民生活用水量也在迅速增加。
污染問題則使水資源危機進一步惡化。政府的統計數據顯示，中國有三億多人無法獲得清潔的飲用水，他們幾乎占了中國全部人口的四分之一，原因是中國一半以上的主要河流都遭受了嚴重污染。中國四分之一的河水已不適合于工農業使用。經紀公司里昂證券亞太區市場(CLSA
Asia-Pacific Markets)發布的一份報告稱，水資源不足使中國的工業產值平均每年少增長兩百五十億美元，并使工業產值每年損失一百九十億美元。
許多人擔心，向北方輸水無法解決中國水資源浪費和水資源使用率低下的問題。美國外交關系協會(Council
on Foreign Relations)亞洲研究主任易明(Elizabeth
Economy)說，即使這一工程上馬興建，中國政府幾十年后可能會發現自己仍然面臨缺水問題。易明著有一本探討環境惡化的書《河水變黑了》(The
River Runs Black)。她和其他一些人認為，解決之道應該是鼓勵節水和改善對供水系統的管理。
在中國政府內部有些人也同意這一觀點。建設部副部長仇保興說，僅僅使中國城市現有用水量的三分之一實現循環再利用就能抵得上南水北調工程的全部輸水量。他上個月對官方的《中國日報》(China
Daily)說，以引水方式來解決缺水問題會打亂水資源的自然循環。