許多人擔心，向北方輸水無法解決中國水資源浪費和水資源使用率低下的問題。美國外交關系協會(Council
on Foreign Relations)亞洲研究主任易明(Elizabeth
Economy)說，即使這一工程上馬興建，中國政府幾十年后可能會發現自己仍然面臨缺水問題。易明著有一本探討環境惡化的書《河水變黑了》(The
River Runs Black)。
她和其他一些人認為，解決之道應該是鼓勵節水和改善對供水系統的管理。
在中國政府內部有些人似乎也同意這一觀點。建設部副部長仇保興說，僅僅使中國城市現有用水量的三分之一實現循環再利用就能抵得上南水北調工程的全部輸水量。他上個月對官方的《中國日報》(China
Daily)說，以引水方式來解決缺水問題會打亂水資源的自然循環。
而人權活躍人士則擔心，對引水渠道沿線居民的強制動遷有可能重新引發三峽工程百萬大移民工作中出現過的政府濫用職權問題。