本規劃中的城鎮生活污水處理廠、垃圾處理場、危險廢物治理工程，次級河流綜合整治、生態環境保護、監測體系和科技保障能力建設等工程的項目以國家資金投入為主。地方政府負責征地、拆遷、公共設施等基礎建設條件。
工業廢水、固體廢棄物、船舶污染治理工程，按照“污染者付費”的原則，資金主要由企業自籌解決或銀行安排專項貸款。庫區及影響區工業污染治理投資，國家給予貼息補助。
三峽建委移民局要督促湖北、重慶兩省移民部門，按照《長江三峽工程水庫區淹沒處理及移民安置規劃報告》，保證相應環保資金。
各級政府要加大污水處理費、垃圾處理費征收力度，逐步提高庫區排污費和處理費征收標準。在2005年以前，達到保證污水處理廠和垃圾處理場正常運行的水平。
根據上述原則，三峽庫區及其上游水污染防治規劃的實施，需要國家資金208億元，其中“十五”安排129.2億元，其余在“十一五”落實。具體需求如下：
庫區需要國家資金111.0億元（“十五”安排81.0億元），其中污水處理廠70.6億元，垃圾處理場25.4億元，生態保護8.0億元，污染企業關閉補助資金5.0億元，清庫資金2億元。
影響區需要國家資金37.1億元（“十五”安排18.9億元），其中污水處理廠25.4億元，垃圾處理場7.2億元，生態保護3.5億元。
上游區需要國家資金53.9億元（“十五”安排20.2億元），其中污水處理廠25.9億元，垃圾處理場12.9億元，生態保護10.1億元。
基礎能力建設需要國家資金7億元（“十五”安排4億元）。