由“清水同盟”承擔的國家軟科學《中國水務行政管理體制研究》課題報告，提出了我國水務行政管理體制改革的幾個方案：

　　方案之一：

　　成立國家水務管理委員會

　　在中央層面，由主管水資源與水環境的副總理牽頭，以水利部為主體，合并環�？偩�、建設部、農業部等部委水務行政管理的相關職能部門，成立國家水務監督委員會，主要職責為組織、審定全國水資源規劃，負責國家級水法的編制、修訂，協調各相關部門在水資源開發與保護中的沖突。

　　在地方層面上，省一級可由主管副省長牽頭成立職能相似的水務監督委員會，包含水利、城市供水以及水環境監督局，由于省內不涉及七大水系的流域監管問題，不必成立流域監管部門，但市縣一級地方政府由于水資源分配和水污染排放的爭執屢見不鮮，因此仍有必要成立省內的河流（湖泊）監管機構。

　　方案之二：

　　成立具有相當權力的流域管理委員會

　　流域管理委員會由國務院授權成立，與水利部、建設部等部平級，職能是在流域范疇內組織、審定流域水資源規劃；負責流域相關水法的編制、修訂、協調各流域內各地區，各部門在水資源開發與保護中的沖突；實現流域水環境統一管理，包括水量的優化調度，上下游水糾紛的協調等工作。

　　在地方層面上，對于相關河流流經的省份，可設立相關的流域管理機構，管理范圍可涵蓋省內大的河流湖泊，監督各縣市流域污水排放和水利工程情況�？h市一級可不設立流域管理機構。

　　方案之三：

　　成立垂直管理的水環境管理體制

　　目前體制下，水環境管理機構隸屬于地方政府，影響了環境執法的效率與效果。解決這一問題的一種辦法就是環保部門實行垂直管理。