具體來說，流域生態保護補償不僅包括由國家通過直接財政補貼、財政援助、稅收減免、稅收返還的形式進行資金、實物補償，而且還包括國家和地方(包括共享區)在建設項目、技術交流、人員培訓等方面的扶持與援助，即技術補償和智力補償。
4．補償基金的籌措
(1)征收水資源開發使用費。對于在直接開發、占用、利用和使用水資源的單位和個人收繳一定標準的費用，并在其中拿出一定比例的資金作為生態補償的資金。該部分費用直接來源于水資源的使用價值，而不以是否有人類勞動的凝結或管理投入為轉移。其費用的多少，通常根據開發使用的水量、水質以及緊缺程度、所獲利益的大小來確定。征收的水資源開發使用費主要用于水源區的生態服務功能的保護和管理，更好地促進中國生態補償工作的開展。
(2)完善排污收費制度。在今后的一段時間里，應逐步擴大排污收費的范圍，嚴格執行新的排污收費制度，將各種污染源納入收費范圍內。進一步提高排污收費的標準，以激勵企業加大對污染控制方面的投資，降低污染物的排放量。同時，各級財政應加強對排污收費制度的管理，將排污收費金額納入各級財政預算綜合管理，重點用于流域水環境的污染防治、生態補償，堅持�？顚Ｓ玫脑瓌t，提高征收資金的使用效率。
此外，在征收排污費的同時，應當積極探索征收水資源生態稅，從征收的生態稅來獲取流域生態補償的基金，以滿足國家提供公共物品和服務的能力需要，保證政府履行環保職能的財力需要。
(3)國家財政投入和地方政府財政配套。政府對于生態補償主要采用財政轉移支付，在政府進行財政補貼、資金投入的過程中，要特別注重補償的“輸血”和“造血”功能的不同，在補償的實施過程中按照“把握域情，因地制宜”的原則，合理有序地開展一系列的補償工作。
建立促進跨行政區的流域水環境保護的專項資金，通過這些資金，應該重點支持流域上游地區的環境污染治理與生態保護恢復，并考慮流域內可能出現的突發性污染事件的賠償。通過建立中央和地方相統一、相協調的基金保證，是建立流域生態補償體系的有力保證。
(4)積極爭取國際社會的補償資金。生態問題已是全球性的問題，整個人類社會是一個統一的整體，因此開展生態補償工作也應當加強生態建設領域的國際合作，這也必將成為中國生態建設新的發展動力。但是我們也看到世界上生物多樣性最豐富、生態分工中占據較高的位勢的國家大部分是發展中國家，而全球發達國家經濟實力較強，卻承擔了較少的生態分工。
目前，發達國家應該通過經濟賬來還生態賬，為他們的生產生活方式和生態分工的優勢埋單，已是被人們所認同。對于中國積極爭取國際社會的補償資金便會有很大的發展空間，而現在比較緊迫的問題是在爭取國際資金中如何與國際慣例接軌，按照國際慣例辦事，這就要求我們必須加強人才培養和制度體系建設，為爭取國際支持創造條件。
5．加快流域生態補償試點工作的開展
中國不僅河流眾多，而且流域面積廣，很難在全國范圍內同時開展生態補償工作，而且由于各流域涉及到的社會、經濟、環保等方面的情況復雜，因此要選擇具有一定條件和基礎的地區開展生態補償試點工作，做到先試點后推廣，通過已獲得的成功實踐經驗和模式來指導全國的流域生態補償工作，從而促進補償工作健康有序的發展。
要建立補償試點，就要充分認識到試點的意義，按照科學發展觀的要求，遵循“誰開發、誰保護，誰破壞、誰恢復，誰受益、誰補償，誰污染、誰付費”的原則，因地制宜，積極創新的加快重點流域的生態補償工作。
總的來說，要建立流域生態補償機制，實施中央及下游受益區對流域上游地區的補償機制，應該積極推進流域地區協作，采取資金、技術援助和經貿合作等一系列措施，加大流域生態保護的力度，理順流域上下游間的生態關系和利益關系，加快上游地區經濟社會發展并有效保護流域上游的生態環境，從而使整個流域的社會經濟實現可持續發展。