水資源管理一體化在客觀實施上具有多層次性。如區域水量與水質管理的協調統一，流域管理與行政管理的協調統一、水資源管、供、用和治理協調、水資源利用和濕地保護統一，水資源地表與地下水—
降雨聯調，水資源開發利用與森林保護相相統一，區域產業結構的調整和布局充分考慮水資源承受能力等等。
管理上的一體化，其中起重要作用的是機構協調和目標的一體化，其要求有關部門管理協調統一，部門之間必須擰成一股繩，協同作戰，不能各自為政。水資源管理涉及眾多部門，例如，節水農業是一個系統工程，涉及到農業、水利、科技、氣象、城建、環保、宣傳、計劃和行政部門等眾多部門，單靠某一部門開展節水農業的發展是難以實現，如果各自為戰，難以形成合力發揮最大效益，效率低下，而且造成國家財富的損失，必須通過有關部門的大力協作來完成。
從效益上來看，水資源管理一體化最終目標是水資源開發利用必須達到經濟效益、社會效益和生態效益的協調統一，其效益衡量尺度必須具有較大。如充分利用當地當地的降雨資源，從局部上來考察，可能提高了水的利用效率，具有較好的社會效益和經濟效益，但從整個流域的角度來認識，假設流域的各個區域皆以留住當地水資源為己任，流域水資源地表徑流會發生大的改變，甚至導致大江大河的斷流，引起更大的生態環境問題。所以，充分利用當地水資源是以流域可承受能力為極限，是有條件和限制的。對于大空間的水資源一體化必須通過政府的調控來實現，區域是無法來完成的，特別是在隨著社會主義市場經濟的逐步完善，各個區域皆以經濟效益為最終目標條件下，政府的水資源管理一體化宏觀調控功能更應該加強和完善。
3.3、建立高效有序的水資源管理機制
水資源管理一體化，必須有相應的管理機制作為保證，建立高效有序的水資源管理機制，是解決21世紀水資源安全不可或缺的重要途徑。
目前，我國水資源管理機制不合理，造成水資源開發利用出現許多問題，僅以農業水資源開發利用為例，存在著主要存在以下問題：（1）機制失靈，水資源短缺與水資源浪費共存；（2）現行體制和政策難以形成有效的節水機制，管理單位失去節水的積極性，不利于節水，甚至鼓勵多用水；（3）灌溉工程老化，僅以渠道工程老化為例，在被調查的373座渠首建筑物中，完好的僅占4%；（4）過度超采，生態環境惡化，出現大面積地下漏斗，地面沉降或裂縫，黃河斷流，海水入侵等；（4）水利工程管理單位收不低支，舉步維艱。為了21世紀水資源安全，水資源管理機制必須有一個大的突破。
首先，必須將將節約用水、保護水資源作為一項基本國策。我們必須向實施計劃生育國策那樣來實現這一國策。在全社會形成節水和保護水資源風氣，把它作為全民的行動，與社會經濟可持續發展效益結合起來，要堅持不懈，無論產業結構布局和調整，還是各項政策的制訂和實施，必須充分考慮水資源的制約因素，建立節水型社會。
其次，在管理方面，改變原有的管理方法，由供給管理轉向需求與供給管理有機結合的管理，進而逐步實現需求管理。
第三，改革現行的行政管理體制，實施“事企”剝離，其目標是：在水利行政部門的宏觀指導下，真正做到產權清晰，權責明確，建立用戶參與管理決策的民主管理機制，如“經濟自立灌排區”水管理模式。
第四，制定《節水法》，依法促進節水型社會和水管理機制的轉變。通過法律途徑規范節水型社會的建設和高效水管理機制的形成，是以法治國的組成部分之一，也是節水得以順利發展的前提和方向。根據我國水資源實際情況，應該在有關法律基礎之上，盡快制訂《節水法》。該法是一項綜合管理法，對節水有關工作予以規范，其調整范圍為高效利用水資源等有關活動。
3.4 、充分重視水資源戰略儲備及相應技術的技術貯存
上文已經論述到，21世紀我國面臨著嚴重的水量與水質的危機，為了應付這種沉重的危機，我們必須做好水資源后備戰略儲備及相應技術的技術貯存。
作為后備的戰略水資源，最主要的是海水利用、調水、大氣水的開發。
海水是戰略后備水資源基地，具有“取之不盡，用之不竭”特征，在我國水資源日益緊張的情況下，充分利用海水和向大海要淡水成為一條必由之路。早在８０年代，全球已建成７５３６座海水淡化廠，特別是淡水資源奇缺的中東地區，現已把海水淡化作為提供淡水的唯一途徑。沙特８０年代建立了第一個大型海水淡化聯合企業，目前現已發展２３個大型現代化工廠，淡化水量也由開始的０．２２７億升淡化水增加到現在２３．６４億升，基本解決了長期困繞的淡水問題。目前我國沿海城市一半以上缺水，海水淡化和海水利用應作為解決沿海和島嶼水資源不足的重要途徑和方法之一，應該做好相應的規劃，并進行海水資源開發利用研究和實踐，在充分吸取國內外經驗基礎上，設計和建造適宜于我國需求的海水淡化系統。
調水是解決水資源分布不均衡的重要手段之一。“南水北調”是一項戰略性工程，從長期來看，是必然實現的，只是選擇最佳時間問題。我國另一個具有戰略意義的水資源在西南諸河，西南諸河具有豐富的水資源，可以通過適當的方法來調控，“大南水北調”工程設想是值得考慮和探討的。
大氣水的開發利用是解決水資源危機的另一條途徑。國際上自1946年首次實施人工降雨成功以來，至今技術逐步成熟，積累了一定經驗，我國也開展了一定工作，如1995年河北開展的人工降雨取得了顯著的效益，據測算，投入和產出效益比在1：30以上。因此，我國應該采取一定措施，從戰略的角度重視大氣水的開發利用，從全國的角度制定大氣水開發利用規劃，研究大氣水的開發利用對地表徑流及生態環境的影響，開發投入低、產出高的新技術。
由于后備水資源開發利用難度較大，技術要求很高，所以，我們應該從講政治和戰略的高度，加強有關技術的研究和貯存，否則，難以支撐21世紀水資源需求。
3.5、面向國內國際市場，適當開展水資源貿易
市場是資源配置的重要手段，向國際、國內市場要水資源，并且適當開展水資源貿易，是解決21世紀水資源的重大方略之一。
對于國內市場，主要包括兩個方面，其一是拉動經濟杠桿，建立節水型經濟激勵機制，包括補償獎勵機制，國家或政府根據節水的實際情況，給予供水單位適當的補償獎勵；懲罰獎勵機制，對于完成節水指標的用戶給予適當的獎勵，對于沒有完成的用戶，給予適當的懲罰，獎勵與懲罰相結合；水權交換機制，研究水權的理論和可操作性的交換機制，通過市場的交換，實現水資源的有效分配。其二是建立科學的水價體系，科學的水價體系是水利經濟良性循環的重要保證，也是合理利用水資源的調解器。以水價改革為突破口，建立良好科學的水價體系，主要包括：制定符合社會主義市場經濟發展規律的《水價辦法》；按供求關系調整水價，實行動態水價和超計劃累進加價制度；建立科學的水價體系，確保地表水、地下水及降水聯調機制順利實施。
對于國際市場，由于水資源運輸的不經濟性，開展水資源直接貿易存在一定困難，可以通過間接的辦法來實現，例如多出口消耗水量的產品，在進口時，多進口消耗水量大的產品，通過這種方式，便可以達到水資源的國際貿易目的。實際上，目前我們也有條件實施這種貿易，如通過糧食進口渠道來實現。從全球來看，我國糧食生產并不具有優勢，而且糧食是水資源耗用大戶，我們完全可以在不威脅國家糧食安全的條件下，多進口一些糧食，剩余的水資源可以實施“農轉非”方式實現高效利用。