三峽庫區水環境保護是一項涉及面廣、影響因素多、復雜的系統工程，也是目標明確的應用型項目。
迄今為止，圍繞三峽庫區的水環境保護已開展了不少研究，但這些研究課題較分散，缺乏整體性和系統性；而且，由于三峽工程對庫區水環境影響的前期研究不足，水污染防治規劃與研究工作不很協調，針對三峽庫區的水污染防治規劃以及提出的各項工程措施缺乏充足的科學依據，具有一定的盲目性。
因此，在總結以往研究工作的基礎上，有必要進一步開展三峽水庫水環境保護研究。特別應在國家層面對庫區來水及本底的水質控制、管理規程，污染控制工程技術等進行研究，以保護三峽水庫的水質安全，使庫區水質總體達到國家Ⅱ類水域要求。