南四湖流域由于多年來延續的高消耗、高污染的粗放型經濟增長方式，導致流域內結構性污染嚴重，湖水水質惡化。點源、面源污染和湖區的人為過度開發，使南四湖的自然生態環境受到了嚴重破壞，湖濱濕地面積大大減少，湖泊的生態功能退化。作為南水北調東線工程的重要調蓄湖泊和輸水通道，南四湖的治污任務嚴峻而緊迫。
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